自動裝盒機的運作原理，首先，通常的自動裝盒機都可以實現將藥瓶、藥板、藥膏等和說明書自動裝入折疊紙盒中，并完成蓋盒動作，部分功能較全的自動裝盒機還帶有貼封口標簽或進行熱收縮裹包等附加功能。

　　其次，自動裝盒機進料一般分為三個入口：說明書入口、藥瓶入口和機包盒入口。從機包盒進料到最后包裝成型的整個過程大致可以分成四個階段：下盒、打開、裝填、合蓋。下盒動作通常是由一個吸盤從紙盒進料口吸取一個紙盒，下行到裝盒的主線上，由一個導軌卡位將紙盒固定并用一個推板打開紙盒，同時會有兩個可向前移動的卡位從下面升起，從前后方向卡住紙盒的側面，使盒子打開成直角并前移到裝填區域。在裝填區域填裝后，機器的機構會將耳朵折進左右的導軌中，然后再進行合蓋動作。

　　臥式自動裝盒機

　　合蓋前機構會先彎折紙盒的插舌，然后有一推板推動盒蓋彎折，使插舌插進盒子中并使鎖扣扣緊。合蓋動作是個關鍵性的動作，完成的好壞與紙盒的結構和機器調節的準確程度有很大關系。

　　另外，不同裝盒機供應商提供的設備，其工作原理和機構動作會有所不同，所以機包盒的結構應該與之相匹配。

　　通常裝盒機供應商在給制藥企業提供設備時，會根據其產品的規格尺寸提供機包盒的結構圖紙，此圖紙為機包盒產品生產的重要工藝依據。